กุญแจสำคัญของทำเกษตรอินทรีย์ คือ การเลือกพื้นที่ที่เหมาะสม ถือเป็นสิ่งที่ต้องพิจารณาเป็นลำดับแรกก่อนตัดสินใจเริ่มต้นลงทุน ลงแรงและลงใจ เพื่อทำเกษตรอินทรีย์
เพราะการทำเกษตรอินทรีย์ให้ประสบความสำเร็จและได้ผลผลิตอินทรีย์อย่างแท้จริง ต้องเริ่มจากการเลือกพื้นที่ โดยมีข้อควรคำนึงดังนี้
1. เกษตรกรจะต้องศึกษาประวัติการใช้พื้นที่ สภาพภูมิประเทศและพื้นที่ตั้งที่เหมาะสม เช่น อยู่ในระดับที่สูงกว่าพื้นที่ที่มีการใช้สารเคมีและไม่เสี่ยงต่อการชะล้างพังทลายของดิน และต้องไม่เสี่ยงต่อน้ำท่วมหรือน้ำไหลบ่าจากพื้นที่ที่ใช้สารเคมี
2. ควรตั้งอยู่ห่างจากถนนหลวง โรงงาน หรือชุมชนที่ก่อให้เกิดมลพิษ
3. เลือกพื้นที่แปลงปลูกที่อยู่ห่างจากพื้นที่เกษตรกรรมที่ใช้สารเคมี
อย่างไรก็ตาม จากพื้นที่เกษตรกรรมที่ลดลง รวมถึงข้อจำกัดเรื่องพื้นที่ การจะหาพื้นที่ที่ไม่เคยทำเกษตรเคมีมาก่อนหรือพื้นที่ที่ปลอดภัยในปัจจุบัน นับเป็นเรื่องที่หายาก ดังนั้นหากต้องการทำเกษตรกรรมในพื้นที่ที่เคยทำเกษตรเคมีมาก่อนสิ่งที่เกษตรกรจะต้องทำมีหลักเกณฑ์ดังนี้
1. พื้นที่ทำเกษตรเคมี เมื่อจะเปลี่ยนมาทำเกษตรอินทรีย์ จำเป็นต้องมี “ระยะปรับเปลี่ยน” โดยการปลูกพืชล้มลุกจะต้องมีระยะปรับเปลี่ยน 12 เดือน และการปลูกพืชยืนต้นต้องมีระยะปรับเปลี่ยน 18 เดือน ก่อนเก็บเกี่ยวผลผลิตอินทรีย์ครั้งแรก
2. ถ้าฟาร์มใดไม่ได้เปลี่ยนเป็นเกษตรอินทรีย์พร้อมกันทั้งหมด “ผู้ผลิตสามารถทยอยเปลี่ยนพื้นที่บางส่วนได้” แต่ต้องเป็นพืชต่างชนิด ต่างพันธุ์ที่แยกความแตกต่างได้
3. พื้นที่ทำเกษตรอินทรีย์จะต้องไม่เปลี่ยนไปทำเกษตรเคมีอีก
4. เกษตรกรจะต้องมีมาตรการป้องกันการปนเปื้อนสารเคมีทางดิน น้ำ อากาศ เช่น ต้องมีการปลูกพืชแนวกันชน เพื่อป้องกันการปนเปื้อนสารเคมีและมลพิษจากแปลงข้างเคียง เป็นต้น
5. ต้องมีการรักษาหรือเพิ่มระดับความสมบูรณ์ของดินและกิจกรรมทางชีวภาพ เช่น การปลูกพืชตระกูลถั่ว และการเพิ่มวัสดุอินทรีย์ เป็นต้น